Sistem kekebalan tubuh dapat terganggu jika paparan benda asing ini terjadi secara berlebihan. Beberapa contoh gangguan pada sistem kekebalan tubuh antara lain alergi, autoimunitas dan AIDS.
1. Alergi
Alergi adalah respon imun yang berlebihan terhadap suatu senyawa yang masuk ke dalam tubuh. Reaksi alergi disebut juga dengan anaphylaxis. Senyawa yang dapat menimbulkan alergi adalah alergen yang dapat berupa serbuk, debu, bulu hewan, gigitan serangga, serta jenis makanan tertentu.
Alergi diawali dengan proses masuknya alergen ke dalam tubuh yang merangsang sel-sel B plasma untuk mensekresikan antibodi yang biasanya dari kelas IgE. Pada awalnya alergen yang masuk ke tubuh tidak akan menimbulkan alergi tapi pada awal alergen yang masuk akan berikatan dengan mastosit. Hal ini menyebabkan ketika alergen untuk kedua kalinya masuk ke dalam tubuh akan terikat pada antibodi IgE yang telah berikatan dengan mastosit, keadaan inilah yang menyebabkan mastosit melepaskan histamin yang memperbesar dan meningkatkan permeabilitas pembuluh darah (inflamasi). Inflamasi menyebabkan timbulnya berbagai gejala alergi seperti bersin, gatal-gatal, pusing, dan kesulitan bernapas.
2. Autoimunitas
Autoimunitas adalah keadaan dimana sistem kekebalan tubuh membentuk antibodi untuk menyerang sel-sel tubuh sendiri seolah-olah bukan merupakan bagian dari tubuh. Autoimunitas seringkali disebabkan gagalnya proses pematangan sel T di kelenjar timus atau karena infeksi virus yang terjadi sebelum lahir yang menyerang sistem kekebalan tubuh. Akibat autoimunitas banyak dijumpai kelainan-kelainan atau keabnormalan yang dapat dijumpai antara lain :
a. Diabetes mellitus, yaitu tipe I (insulin-dependent diabetes mellitus), dimana antibodi menyerang sel-sel beta di pankreas yang memproduksi hormon insulin sehingga menyebabkan kadar gula dalam darah tinggi.
b. Addison’disease, penyakit ini bisa disebabkan oleh infeksi pada kelenjar adrenalin namun juga bisa disebabkan oleh antibodi yang menyerang sel-sel hormon yang menghasilkan adrenalin. Akibat yang ditimbulkannya adalah mudah merasa lelah, kehilangan berat badan, rasa perasaan yang tertekan, kadar gula darah rendah dan pigmentasi kulit yang meningkat.
c. Mysthenia gravis, disebabkan oleh antibodi yang menyerang otot lurik. Hal ini menyebabkan dergradasi otot dan berkurangnya kemampuan otot menangkap asetilkolin (zat yang dilepaskan saraf untuk memicu kontraksi otot), misalnya terjadi pada mata dimana posisi mata menjadi tidak simetris.
d. Lupus erythematosus, yaitu keadaan dimana antibodi menyerang sel-sel tubuh yang lain sebagai sel asing dimana ketika kondisi tubuh melemah maka seranggan antibodi akan meningkat.
e. Multiple sclerosis, yaitu keadaan dimana antibodi menyerang jaringan saraf dan di tulang belakang dimana bagian saraf yang diserang adalah seludang mielin sebagai bagian yang melapisi sel saraf dan berperan dalam penghantaran informasi, hal ini menimbulkan berbagai gejala seperti gangguan penglihatan, pusing, depresi dan lain-lain.
3. AIDS
AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus HIV (Human Immunodeficiency Virus). AIDS sendiri merupakan kumpulan dari berbagai penyakit.
AIDS disebabkan virus HIV yang menyerang sel T pembantu yang berfungsi menstimulasi sel T lainnya serta sel B plasma. Ketika virus berhasil menginfeksi sel T virus menggunakan perangkat selnya untuk menggandakan diri setelah itu menembus membran sel kemudian menginfeksi sel T yang lain. Hal ini menyebabkan kemampuan tubuh melawan kuman penyakit menjadi berkurang.
Sel T pembantu menjadi target utama virus HIV karena pada permukaan selnya terdapat molekul CD4 sebagai reseptor, dimana infeksi dimulai ketika molekul glikoprotein (gp120) yang terdapat pada permukaan HIV menempel ke reseptor CD4. Pada orang normal jumlah sel T dalam tubuh sekitar 1000 sel/mm3 , hal ini berbeda dengan orang yang menderita AIDS dimana jumlah sel T nya hanya sekitar 200 sel/mm3.
Virus HIV yang menyebabkan AIDS dapat menular dari satu orang ke orang lain dengan banyak cara antara lain penggunaan jarum suntik secara bersamaan, transfusi darah dari penderita, serta hubungan seksual. Pada dasarnya penderita AIDS meninggal bukan karena virus HIV yang menyerangnya tapi karena melemahnya kekebalan tubuh maka beberapa penyakit bisa berakibat fatal bagi penderita AIDS, penyakit-penyakit itu seperti TBC, kanker darah, kanker, meningitis, harpes dan berbagai penyakit lainnya.